瓊脂糖凝膠中DNA的回收（DEAE-纖維素膜電泳）

實驗方法原理

從瓊脂糖凝膠回收 DNA 是通過電泳至帶正電荷的 DEAE-纖維素膜上完成的。這種方法首先利用適當濃度的瓊脂糖凝膠電泳分離 DNA 片段，然后緊靠目的 DNA 片段條帶前方切一裂縫。將一長條 DEAE 纖維素膜插入裂縫。

實驗材料

限制性內切核酸酶DNA 樣品DNA 標準RNA

試劑、試劑盒 乙酸銨DEAE 高鹽洗脫緩沖液DEAE 低鹽洗脫緩沖液EDTA 乙醇凝膠載樣緩沖液NaOH酚氯仿醋酸鈉TE

儀器、耗材 瓊脂糖凝膠DEAE 纖維素膜手提式長波紫外燈水浴

實驗步驟

一、材料

1. 緩沖液和溶液

乙酸銨（10 mol/L)

DEAE 高鹽洗脫緩沖液（50 mmol/L Tris-Cl (pH 8.0)，1 mol/L NaCI，10 mmol/L EDTA (pH 8.0)）

DEAE 低鹽洗脫緩沖液（50 mmol/L Tris-Cl (pH 8.0)，0.15 mol/L NaCl，10 mmol/L EDTA (pH 8.0)）

EDTA ( 10 mmol/L，pH 8.0)

乙醇

6X 凝膠載樣緩沖液

0.5 mol/L NaOH

酚: 氯仿（1:1，V/V)

醋酸鈉（3 mol/L，pH 5.2)

TE ( pH 8.0)

2. 酶和緩沖液

限制性內切核酸酶

3. 凝膠

瓊脂糖凝膠，含有 0.5 μg/ml 的 EB

4. 核酸和寡聚核苷酸

DNA 樣品

DNA 標準

RNA，酵母轉運 tRNA

5. 專用設備

DEAE 纖維素膜

手提式長波紫外燈

65℃ 水浴

二、方法

1. 消化一定量 DNA 以收獲至少 100 ng 目的片段 DNA。用含有 0.5 μg/ml EB 的適當濃度的瓊脂糖凝膠電泳分離 DNA 片段。用手提式長波紫外燈對目的條帶進行定位。

2. 用鋒利的刀片或剃刀在緊靠目的條帶前的凝膠上切一切口，其兩邊比條帶寬約 2 mm。

3. 戴上手套，切一塊與切口等寬而比凝膠稍深（1 mm )  的 DEAE 纖維素膜。在 10 mmol/L EDTA ( pH 8.0) 室溫浸泡 5 min 后，用 0.5 mol/L NaOH 取代 EDTA 浸泡以活化 DEAE 纖維素膜。再次室溫 5 min 后，用無菌水沖洗 6 次。

4. 用平頭鑷子將切口壁撐開，將膜插入裂縫中。取出鑷子，使切口閉合，小心勿留氣泡。

5. 繼續電泳（<5 V/cm) 直至 DNA 條帶遷移到膜上。電泳過程中，可以用手提式長波紫外燈（302 nm ) 進行跟蹤檢測。

6. 當所有目的 DNA 離開凝膠被收集到膜上時，切斷電流。用平頭鑷子從凝膠中取出膜，室溫下，用 5~10 ml DEAE 低鹽緩沖液將膜漂洗一下，以除去膜上的瓊脂糖。

7. 將膜轉移到另一個微量離心管中，加足量的 DEAE 高鹽洗脫緩沖液使膜完全被浸沒。輕輕的將膜弄皺或對折，但不要壓緊。蓋上離心管蓋，于 65℃ 溫育 30 min。

8. 從膜上洗脫 DNA 的過程中，對凝膠成像，記錄被分離出的條帶。

9. 步驟 7 的液體轉移到另一微量離心管，再加入足量的 DEAE 高鹽洗脫緩沖液，于 65℃ 溫育 15 min。合并兩份 DEAE 高鹽溶液。

10. 高鹽洗脫液用酚：氯仿抽提一次。水相轉移到另一離心管。加入 0.2 倍體積的 10 mol/L 乙酸銨，2 倍體積的 4℃ 乙醇。室溫放置 10 min。用微量離心機室溫以最大轉速離心 10 min。用 70% 乙醇小心洗沉淀。打開離心管幾分鐘，使乙醇完全揮發。再將 DNA 重溶到 3~5 μl TE (pH 8.0)。

11. 如果需要極純的 DNA ( 如用于小鼠受精卵的顯微注射或培養細胞電穿孔)，可以按照下述方法用乙醇再沉淀 DNA。

(1) 用 200 μl TE（pH 8.0）懸浮 DNA，加入 25 μl 3 mol/L 乙酸鈉（pH 5.2），用 2 倍體積的乙醇重新沉淀 DNA。

(2) 4℃ 微量離心機最大速度離心 5~15 min, 回收 DNA。

(3) 70% 乙醇小心漂洗沉淀。打開離心管幾分鐘，使乙醇完全揮發。將 DNA 溶于 3~5 μl TE ( pH 8.0)。

12. 通過凝膠電泳對 DNA 進行定性和定量。將少量（10~50 ng) 最終制備的 DNA 片段與 10 μl TE ( pH 8.0) 混合，加入 2 μl 所需的凝膠載樣緩沖液。加樣并在適當濃度的瓊脂糖凝膠上進行電泳，以已知量的經用適當限制酶消化的原 DNA 作為參照物標準和分子質量標準。分離的片段應該與限制酶消化產物中的相應片段同步遷移。仔細檢査凝膠，看是否有弱熒光帶存在。弱熒光帶存在表明有DNA污染。